Çölyak, emilim bozukluğu olarak da adlandırılan bir hastalıktır. Çünkü besin elementleri ince bağırsak aracılığıyla emilememektedir. Normalde gıdalarda bulunan besin elementleri incebağırsakta bulunan villi sayesinde kan dolaşımına karışırken, villinin yapısı bozulduğunda, kişinin aldığı besinin miktarı ne olursa olsun kötü beslenmiş olur. Çünkü vücudun bağışıklık sistemi ince bağırsakta hasara neden olmuş ve besin emilimini engellemiştir. Bu sebeple çölyak hastalığı otoimmün bozukluk (bağışıklık sistemi bozukluğu) olarak kabul edilir.